O Jacobina Esporte Clube (JEC) foi fundado em 1° de dezembro de 1993 por um grupo de desportistas. Comandado por Aníbal Augusto de Oliveira Neto, seu primeiro Presidente, filiou-se a Federação Baiana de Futebol, no mesmo ano disputou a Copa Interclubes, competição que dava duas vagas na 1ª Divisão de 1994. O Jacobina estreou com vitória por 2 a 0 contra o Conquista Futebol Clube, na sequência nova vitória, novamente por 2 a 0, contra o River Ilheense Esporte Clube em Ilhéus, na terceira rodada a terceira vitória, 3 a 1 contra a Associação Atlética Sisal Bonfinense, na quarta rodada derrota em casa para o River Ilheense Esporte Clube por 1 a 0, na quinta rodada o empate como visitante contra a Associação Atlética Sisal Bonfinense em 0 a 0 selou o acesso do Jacobina, na última rodada venceu como visitante o Conquista Futebol Clube por 2 a 1 e garantiu o título.

O Jacobina Esporte Clube fez uma fraca campanha na 1ª Divisão, apesar da boa estréia (0 a 0 como visitante contra o Esporte Clube Poções) o time somou apenas 14 pontos em 20 jogos com cinco vitórias, quatro empates e 11 derrotas, marcou 15 gols e sofreu 24. Além disso, não enfrentou o Esporte Clube Bahia ou o Esporte Clube Vitória, pois fez parte do Grupo B que tinha apenas times do interior. Foi o lanterna da competição e assim rebaixado para a Campeonato Baiano da Segunda Divisão.

Com quase 20 anos adormecido o JEC ou "Jegue da Chapada", como é apelidado carinhosamente pelos seus torcedores, ressurgiu em 2014 disputando a Segunda Divisão do Baiano pela segunda vez na sua história. Foi vice-campeão, ficando atrás apenas do Colo Colo de Futebol e Regatas (Campeão Baiano de 2006), conquistando assim uma vaga na 1° divisão do Campeonato Baiano de 2015.

Em 2015, o time do Jacobina Esporte Clube, mesmo sendo afetado pela falta de estrutura, fez uma campanha modesta e se manteve na elite do futebol baiano.

Atualmente, o Jacobina Esporte Clube é comandado pelo Presidente Rafael Damasceno e vem procurando se estruturar. O clube já conta com sede própria e com uma área de 65.000m² para a construção do Centro de Treinamento (CT "A Toca do Jegue").